La Comisión es una unidad desconcentrada adscrita al Despacho del Gobernador, auxiliar del Consejo de Coordinación, con autonomía administrativa, técnica, operativa y de gestión, encargada de dirigir, implementar y ejecutar los acuerdos y determinaciones del Consejo de Coordinación, así como para coadyuvar con las autoridades estatales, federales y municipales en la implementación del Sistema, cuando así lo soliciten.